第一部 【企業情報】

 

第1 【企業の概況】

 

1 【主要な経営指標等の推移】

 

回次

第21期

第22期

第23期

第24期

第25期

決算年月

2020年3月

2021年3月

2022年3月

2023年3月

2024年3月

売上高

(千円)

361,713

324,501

427,935

327,535

490,462

経常損失

(千円)

128,317

174,856

138,762

365,411

245,884

当期純損失

(千円)

128,091

172,473

134,046

362,343

248,293

持分法を適用した場合
の投資利益

(千円)

資本金

(千円)

416,219

642,439

642,439

792,498

927,498

発行済株式総数

(株)

5,089,700

5,789,700

5,789,700

6,353,064

6,767,174

純資産額

(千円)

653,334

930,619

780,524

710,650

732,356

総資産額

(千円)

743,397

1,020,981

890,034

871,134

982,478

1株当たり純資産額

(円)

123.19

156.65

133.49

111.86

108.27

1株当たり配当額
(内1株当たり中間配当額)

(円)

(円)

(―)

(―)

(―)

(―)

(―)

1株当たり当期純損失

(円)

25.17

30.38

23.15

61.76

39.07

潜在株式調整後
1株当たり当期純利益

(円)

自己資本比率

(%)

84.34

88.83

86.84

81.58

74.54

自己資本利益率

(%)

18.54

22.49

15.96

48.85

34.41

株価収益率

(倍)

配当性向

(%)

営業活動による
キャッシュ・フロー

(千円)

259,018

76,019

72,974

336,713

140,232

投資活動による
キャッシュ・フロー

(千円)

95,169

51,396

58,672

155,397

15,775

財務活動による
キャッシュ・フロー

(千円)

1,442

445,838

278,317

269,054

現金及び現金同等物の
期末残高

(千円)

302,379

620,801

489,154

275,361

388,406

従業員数

(名)

32

29

31

36

37

株主総利回り

(比較指標:配当込みTOPIX)

(%)

(%)

58.6

94.6

58.5

97.8

215.1

(90.5)

(128.6)

(131.2)

(138.8)

(196.2)

最高株価

(円)

935

1,143

925

1,125

2,100

最低株価

(円)

377

417

391

400

592

 

(注) 1  当社は、連結財務諸表を作成しておりませんので、連結会計年度に係る主要な経営指標等の推移については、記載しておりません。

2  持分法を適用した場合の投資利益については、関連会社が存在しないため記載しておりません。

3 「収益認識に関する会計基準」(企業会計基準第29号 2020年3月31日)等を第23期の期首から適用しており、第23期以降に係る主要な経営指標等については、当該会計基準等を適用した後の指標等となっております。

4  第21期、第22期及び第23期の潜在株式調整後1株当たり当期純利益については、潜在株式が存在するものの1株当たり当期純損失であるため、記載しておりません。

5 第24期及び第25期の潜在株式調整後1株当たり当期純利益については、潜在株式が存在しないため記載しておりません。

6 第23期まで、株主総利回りの比較指標に東証第二部株価指数をを用いておりましたが、2022年4月4日の東京証券取引所の市場再編に伴い廃止されました。このため第24期から比較指標を、継続して比較することが可能な配当込みTOPIXに変更しております。

7 最高株価および最低株価は、2022年4月3日以前は東京証券取引所市場第二部におけるものであり、2022年4月4日以降は東京証券取引所スタンダード市場におけるものです。

 

2 【沿革】

当社名誉所長である松原謙一は、長年遺伝子関連の先端研究を行っており、この研究活動の成果を事業化するとともに、高い技術を保持し、かつグローバルな視点からの競争力のある技術を絶えず開発していくことでわが国のバイオ産業の発展に貢献するため、この目的に賛同されたライフサイエンス分野で活躍されている方々の出資、協力を受け、1999年4月1日に当社を設立いたしました。

 

年月

経歴

1999年4月

株式会社デイエヌエイチップ研究所を神奈川県横浜市保土ヶ谷区に設立
(資本金2,200万円)、DNAチップの研究を開始

1999年4月

日立ソフトウェアエンジニアリング株式会社(現「株式会社日立製作所」)と共同研究開始

1999年8月

国産第一号となる汎用DNAチップ「Yeast Chip ver 1.0」を販売開

2001年12月

横浜市鶴見区(「横浜サイエンスフロンティア」地区)に本社移転、集約化

2002年9月

Ace Gene「Human Oligo Chip 30k」を販売開始

2002年11月

商号を「株式会社DNAチップ研究所」に変更

2003年6月

普通株式1株を2株に分割(分割により増加した株式数:普通株式6,300株)

2003年6月

Ace Gene「Mouse Oligo Chip 30K」を販売開始

2004年3月

東京証券取引所マザ-ズ市場に株式上場

2004年6月

「Ace Gene 30K on One Chip version」を販売開始

2004年9月

「Hyper Gene Rat cDNA Chip」を販売開始

2005年5月

普通株式1株を2株に分割(分割により増加した株式数:普通株式13,600株)

2005年11月

新規なアミノ化試薬を開発し、シグマアルドリッチジャパン株式会社とライセンス契約を締結

2006年4月

「Ace Gene Premium Human」を販売開始

2006年5月

「Probe Bank」を搭載した「3D-Gene」(酵母全遺伝子型チップ)を販売開始

2006年6月

第1回無担保転換社債型新株予約権付社債を発行

2006年11月

米国Agilent Technologies Inc.とDNAマイクロアレイ事業で戦略的提携

2006年12月

第1回無担保転換社債型新株予約権付社債の全額株式への転換完了

2007年5月

「ConPath Chip」及び「ConPath Navigater」を開発し、新たな受託解析事業を開始

2007年8月

学校教育向け遺伝子解析教材「ハイブリ先生」を販売開始

2007年11月

「Probe Bank」が「第24回神奈川工業技術開発大賞」奨励賞を受賞

2008年3月

ヒュービットジェノミクス株式会社からゲノム解析事業を移管

2008年3月

RNAチェックによるリウマチ抗体医薬の薬効診断臨床実験を開始

2008年3月

「MammaPrint」による乳癌予後予測検査サービス事業の開始

2009年4月

プライバシーマーク付与認定

2010年7月

竹田理化工業株式会社、米国WaferGeneBiosystems,Inc.と戦略的提携  次世代型超高速超高感度リアルタイムPCR装置(「SmartChip」)の国内独占販売、受託サービスを開始

2011年1月

株式会社理研ジェネシスと遺伝子解析サービスで業務提携

2011年3月

臨床研究遺伝子発現データベース「iCIS-crdb」の製品発表、販売開始

2011年4月

臨床現場向け関節リウマチ問診システム「iRIS」の製品発表、販売開始

2011年12月

「T BONE EX KIT」硬組織(歯牙・骨)用DNA抽出キットの製品発表、販売開始

2013年10月

普通株式1株を100株に分割(分割により増加した株式:普通株式3,355,803株)及び単元株制度(単元株式数:100株)の採用

2013年10月

米国 Agilent Technologies Inc.と次世代シークエンス解析事業で戦略的提携

2014年8月

株式上場市場を東京証券取引所市場第二部へ変更

2014年11月

株式会社エンプラスと資本業務提携契約を締結

2015年11月

東京都港区に研究施設及び事務所を移転

2017年6月

監査役会設置会社から監査等委員会設置会社へ移行

2020年5月

株式会社エンプラスと資本業務提携契約を解消

2021年11月

合同会社ジーンメトリックスと肺がんコンパクトパネル事業について業務提携

2022年4月

東京証券取引所市場第二部からスタンダード市場へ移行

2022年10月

神奈川県川崎市にメディカルラボラトリーを設立

2023年1月

三井化学株式会社と資本業務提携契約を締結

 

 

3 【事業の内容】

当社は、受託解析を行う「受託事業」、関連技術の研究開発を行う「研究事業」、核酸解析の技術を用いた診断サービスの開発や販売を行う「診断事業」を主な事業の内容としており、この事業区分ごとに包括的な戦略を立案し、事業活動を展開しております。

なお、2023年4月1日付で組織変更を実施し経営管理区分を変更したことに伴い、当事業年度から、従来の「研究事業」セグメントを受託解析を事業とする「受託事業」と研究開発を事業とする「研究事業」に分割しております。

過去3期間における事業別売上高推移は次の表のとおりであります。

 

セグメントの名称

2022年3月

2023年3月

2024年3月

売上高
(千円)

構成比
(%)

売上高
(千円)

構成比
(%)

売上高
(千円)

構成比
(%)

受託事業

376,310

87.9

297,026

90.7

268,062

54.7

研究事業

47,608

9.7

診断事業

51,624

12.1

30,509

9.3

174,791

35.6

合計

427,935

100.0

327,535

100.0

490,462

100.0

 

(注) 1  数量については、その内容が多岐にわたるため記載を省略しております。

2  売上高には、消費税等は含まれておりません。

 

(1) 受託事業

受託事業におきましては、大学や公的研究機関、製薬会社等の企業を主要な顧客として次世代シークエンス、マイクロアレイ実験解析等を行っております。顧客の目的に合わせた実験デザインの提案、データ解析及びサポートの対応に注力しております。

受託事業の主なサービスには、次世代シークエンス受託解析サービス、マイクロアレイ受託解析サービス及びデジタルPCR解析を含むその他遺伝子解析サービスがあり、次のような種類があります。

 

① 次世代シークエンス受託解析サービス

次世代シークエンサーにより、DNAやRNAを網羅的に解読することで、遺伝子の変異や細胞中の遺伝子の量を測定することができます。主要なサービスは以下のとおりです。

  ・遺伝子発現解析サービス (RNA-Seq)

各種生物種由来のRNAサンプルから、遺伝子発現量を測定します。FFPE由来の分解したサンプルや微量のサンプルなど、様々なサンプルに対応しています。

       ・miRNA遺伝子発現解析サービス (miRNA-Seq)

各種生物種由来のRNAサンプルから、miRNA発現量を測定します。血清や血漿、がんとの関わりの深いエクソソーム中のmiRNAの発現解析などに対応しています。

・エクソーム解析、全ゲノム解析サービス

遺伝子全体あるいは遺伝子のある領域のみを濃縮して解析することにより、効率的に遺伝子上の変異を検出します。希少疾患の原因やがんの原因となる遺伝子を網羅的に探索することができます。

・がんパネル解析

 がん遺伝子の特定の領域における遺伝子変異を高感度に検出します。

・エピジェネティクス解析

  DNAメチル化解析により、遺伝子の転写調節にかかるゲノム領域の探索を網羅的に行います。

        ・16S rRNA解析、メタゲノムショットガン解析(細菌叢解析)

  糞便・唾液・皮膚等のサンプルから、ヒト腸内や環境中に含まれる細菌叢の同定を行います。

 

② マイクロアレイ受託解析サービス

マイクロアレイ受託解析サービスは以下のとおりです。

・遺伝子発現解析サービス

各種生物種由来のRNAサンプルから、遺伝子発現量を測定します。

・ゲノム構造解析サービス

DNAの微細な領域の構造(欠損、重複、コピー数変化等)を測定します。

・C3チェックサービス

当社独自開発のカスタムアレイCGH解析により、培養工程におけるゲノムコピー数異常を高精度に検出し、再生医療用細胞の品質評価を行います。

 

③ その他遺伝子解析サービス

微量な遺伝子の絶対定量が可能な「デジタルPCR受託サービス」を提供しています。また、生体サンプル(細胞や組織等)からの「核酸(DNA/RNA)抽出サービス」にも力を入れています。

・デジタルPCR受託解析サービス

低濃度のサンプルを使って、高い精度で検量線を作成せずに絶対定量を行うことができ、わずかなコピー数の差の違いを検出することができます。遺伝子の変異解析等に利用されます。

・核酸(DNA/RNA)抽出サービス

細胞や組織等の各種生体サンプルから、次世代シークエンスやマイクロアレイの目的に応じた核酸(DNA/RNA)抽出を行います。

 

(2) 研究事業

① 次世代シークエンサーを使用したがん診断技術に関する研究開発

 EGFRリキッドの技術をさらに改良した、NOIR-SS技術(分子バーコード技術を用いて高感度かつ正確な分子数測定が可能となる超低頻度変異DNAの検出技術)の研究開発に取り組んでおります。これは、複数の遺伝子を、高い精度で変異検査ができる技術です。

 この技術の活用範囲として、リキッドバイオプシー(内視鏡や針を使って腫瘍組織を採取する方法に代えて、血液などの体液サンプルを使用する方法)による低侵襲的遺伝子検査、クリニカルシークエンスによる個別化医療、血液からのがん再発の早期発見、免疫チェックポイント阻害剤の効果判定などが期待されております。

 肺がんコンパクトパネル開発・薬事戦略・プログラム医療機器システム構築のノウハウを他癌種のコンパニオンパネル検査へ応用する開発も進めております。肺癌以外でも、複数の薬剤が上市されることで一括パネル検査の需要が高まっている癌種も増えてきており、国内の診療ニーズにマッチしたパネル製品の開発を目指しています。

 これらの研究は、国立大学法人奈良先端科学技術大学院大学及び地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター及び聖マリアンナ医科大学など、国内のがん関連の研究機関・病院と共同で開発を進めております。

 

② RNAチェックの研究開発

 大学・研究機関との共同研究等により、将来の診断・創薬に役立つ遺伝子の働きを検査する新しい方法を開発しております。その方法は、“RNAチェック”(遺伝子発現検査)と呼び、遺伝子の「変異」を調べるDNA検査(遺伝子検査)とは別の検査方法で、遺伝子の種類と量を調べる検査です。その検査対象は、人、動物、植物、微生物、細菌(ウィルス)など生物の血液・組織等の検体であり、現在、このRNAチェックに基づいた次の研究開発を進めております。

 主なものとしましては、学校法人慶應義塾大学、学校法人埼玉医科大学及び学校法人北里大学との共同による抗リウマチ薬の効果予測についての研究や、国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センターとの共同によるうつ病の早期発見を目的としたバイオマーカー研究などを進めております。これらの共同研究を通して、将来の診断・創薬に役立つRNAチェック技術の実用化に向けた研究を進めております。

 

③ 三井化学株式会社との協業

 三井化学株式会社と資本業務提携契約を締結したことにより、当社の遺伝子解析技術と三井化学株式会社のライフサイエンス関連技術を有効に活用、更に、両社が有するネットワークや経営資源を活用することで、両社が協力し、検査・診断領域での新事業を創出することを目的に協議を進めております。2024年度中に新しく共同研究開発に着手する予定です。

 

なお、研究開発活動の詳細につきましては、「第一部 企業情報 第2 事業の状況 6 研究開発活動」をご参照ください。

 

(3) 診断事業

診断事業は、当社が培ってきた遺伝子解析技術を活用して、社会のニーズである「個別化医療」や「未病社会」に対応した以下の検査を社会に広めることを目的とした事業で、医療関連機関や研究機関、企業等を主要な対象顧客としております。診断事業の主なメニューは「肺がん コンパクトパネルⓇ」及び「MammaPrint」であります。

 

① 肺がん コンパクトパネルⓇ

当社の肺がん コンパクトパネルⓇは、肺癌患者さんそれぞれの遺伝子異常に対応した個別化医療・精密医療を実現するためのコンパニオン診断検査です。現在、EGFR ALK MET BRAF ROS1 KRAS RET ERBB2(HER2) NTRKといったドライバー変異に対応する分子標的薬が上市されており、一括で遺伝子変異の検査が可能なパネル検査の重要性が高まってきております。肺がん コンパクトパネルⓇは、肺癌に特化して薬剤投与につながる遺伝子変異にターゲットを絞り、高感度かつ一括での遺伝子パネルコンパニオン診断を提供いたします。組織生検から抽出する核酸のクオリティは、患者さんの検体ごとによってまちまちですが、クオリティの悪い検体にも対応可能な設計となっています。また、胸水・細胞診といったこれまでにパネル検査の実施が難しかった検体種へ適用することも可能なシステムであり、より多くの患者さんにお薬を届けることができるようになると期待しております。

年間11万人といわれている新規肺がん患者を対象とした初回検査において、パネル検査の普及が進んでおり、対象薬剤および対象遺伝子が増えてきたことから、単一遺伝子検査の積み上げで対応することは困難になってきています。このような状況から、パネル検査の実施割合は今後さらに増えていくことが予想されます。また、手術時の補助療法としての分子標的薬の有用性も示され、低ステージ肺癌での検査需要が増えてきております。また、薬剤耐性時の獲得耐性変異の検査ニーズも高まっており、コンパニオン遺伝子検査の対象も広がりつつあります。将来的に全肺癌症例の半数程度がパネル検査を実施すると推定し、国内全体で年間5万件規模の市場規模になると予想しております。

本検査は国立大学法人奈良先端科学技術大学院大学と地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンターの共同研究成果をもとに、当社が開発・薬事試験を進めてきました。2022年11月16日に薬事承認を取得し、現在、臨床検査ラボ・メディカルラボラトリー(川崎市)にて保険診療検査サービスを提供しています。

 

② NOIR・AI解析

 当社は、分子バーコード法と呼ばれる核酸変異検出について、独自の特許技術を有しております。この技術により、血液中の微量な腫瘍由来DNAを検出したり、免疫発現状態を正確にプロファイルするリキッドバイオプシー検査系の開発と研究用解析サービスの提供をしております。膨大なデータをAIで処理して臨床的に有用な情報に結びつける技術開発にも取り組んでいます。

 

③ MammaPrint

MammaPrintは乳がんの再発リスクを予測する遺伝子検査です。

乳がんの予後診断は大変難しく、術後も再発・転移を防ぐための治療が必要となります。MammaPrintは、手術によって切除されたがん組織の遺伝子発現を調べ、一人一人のがんの再発リスクを明確にします。その結果、予後のリスクをあらかじめ知ることができ、乳がんの体系的な治療計画を立てることが可能となります。

本検査は、Agendia社(本社オランダ)において行われ、当社はMammaPrintの日本国内における販売代理店となっております。

 

 

事業の系統図は次のとおりであります。

 


 

4 【関係会社の状況】

該当事項はありません。

 

5 【従業員の状況】

(1) 提出会社の状況

2024年3月31日現在

従業員数(名)

平均年齢(歳)

平均勤続年数(年)

平均年間給与(千円)

37

45.2

8.9

5,919

 

 

セグメントの名称

従業員数(名)

受託事業

11

研究事業

7

診断事業

12

全社(共通)

7

合      計

37

 

(注) 1  従業員数は当社から他社への出向者を除き、他社から当社への出向者を含む就業人員であります。

2  平均年間給与は、賞与及び基準外賃金を含んでおります。

3  全社(共通)は、総務・経理等管理部門及び営業部の従業員であります。

 

(2) 労働組合の状況

労働組合の結成はありませんが、必要の都度従業員代表と意見交換を行っております。その結果、労使関係は相互信頼のもと安定的に維持されております。